Управление МОУ «СОШ № 59 с углубленным изучением предметов”» осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
В Учреждении формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся: Общее собрание работников учреждения, Педагогический совет, Наблюдательный совет, Методический совет, общешкольный родительский комитет, Совет обучающихся школы.
